自神州地区惊现一座古老的高塔后，宝可梦的世界就开始乱七八糟。据传，高塔内的不死精灵是来自异界的亡魂，它们在此等待着往生的试炼。
被神秘选召的训练家们与传说宝可梦莫名成为了试炼关主，要与不死精灵对战。
一身红云纹的梦妖直面黑色风衣的金发美人，三勾玉的血瞳旋转成黑色的风车……
“wryyyy”怪叫的皮可西使出了替身，一只耿鬼浮现身后并发动石化功“砸瓦鲁多”，激战某飞行系天王。
……
被选召的训练家们为和平而战，往生之塔的亡魂为往生而斗，时代由此而变。
与此同时，神州地区的大地上，诞生了一位对战从不指挥的怪奇训练家……